از ابتدای سال 1396، سازمان برنامه و بودجۀ کشور تلاش خود را در راستای راه‌اندازی مرکز پژوهش‌های توسعه و آینده‌نگری آغاز کرد باوجوداین، تاریخ تأسیس این مرکز به ابتدای مردادماه سال 1397  باز می‌گردد. هرچند ایدۀ شکل‌گیری مرکز پژوهش‌های توسعه و آینده‌نگری را باید به خیلی پیش از این تاریخ برگرداند؛ چراکه هم‌زمان با شکل گیری سازمان برنامه و بودجۀ کشور، نیاز به ایجاد نهادی پژوهشی در فکر و راه سیاست‌گذار نمایان شد.

نیاز سازمان برنامه بودجه به نهاد پژوهشی، در طول ادوار مختلف، همواره احساس می‌شد، اما، با وجود تلاش‌های متعدد، این نیاز هیچ‌گاه به شکل کامل بر طرف نشد. لذا، با توسعۀ علوم و گسترش ظرافت‌های بحث سیاست‌گذاری، راه‌اندازی مرکزی پژوهش‌محور، با کارویژۀ حل مسائل مطالعاتی سازمان برنامه و بودجه، به یک نیاز عینی بدل شد و همین امر، سیاست‌گذار را به تأسیس مرکز پژوهش‌های توسعه و آینده‌نگری رهنمون کرد.

این مرکز، در مقایسه با مراکز دیگر پژوهشی، در همان ابتدا، با کارویژۀ انجام مطالعات پشتیبان سند ملی آمایش سرزمین، توانست به یکی از مهم‌ترین نیازهای مطالعاتی کشور جامۀ عمل بپوشاند و انجام موفقیت‌آمیز مطالعات آمایش سرزمین، تا مرحلۀ تصویب و اجرا، درحقیقت سنگ بنایی بود که نیاز به مرکزی مطالعاتی، با مختصات مسئله‌محوری و چابکی را پیش چشمان سیاست‌گذار نمایان کرد.

از همین رو پس از موفقیت های مرکز پژوهش های توسعه و آینده نگری در زمینه مختلف علمی و پژوهشی و براساس مصوبه شورای گسترش و برنامه ریزی آموزش عالی در سال 1402، معاون اول رئیس جمهور به عنوان رئیس هیئت امنا این مرکز منصوب شد. بدین ترتیب این نهاد علمی مستقل، ذیل وزارت علوم، تحقیقات و فناوری باز تعریف شد و حوزه ی فعالیت این مرکز دیگر منوط به یک سازمان خاص نمی باشد و از این تاریخ مأموریت های این مرکز ابعاد تازه ای نسبت به قبل پیدا کرده است.

 این مرکز پژوهشی پس از دوران تاسیس و استقرار، اکنون به عنوان یک نهاد مستقل علمی ذیل وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در مرحله ی تثبیت ماموریت های خود قرار دارد و در این دوره تلاش کرده است با ساختاری چابک و منعطف به عنوان مرکز تخصصی با مطالعه بر دو کارویژه "توسعه و آینده نگری ایران اسلامی" با مشارکت نهاد های علمی کشور به عنوان مشاور علمی و امین دولت جمهوری اسلامی ایران در تمامی سطوح عمل نماید.